โรงเรียนบ้านห้วยไคร้ มีภารกิจในการจัดการศึกษาขั้นพื้นฐาน ทั้งในระบบ นอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย เพื่อให้สอดคล้องกับแนวนโยบาย ยุทธศาสตร์ กลยุทธ์ จุดเน้นและเป้าหมาย ผลผลิตของกระทรวงศึกษาธิการ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานและสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาเชียงราย เขต 3 ตามกรอบงานการบริหารงานตามกฎกระทรวงกำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการกระจายอำนาจและการจัดการศึกษา พ.ศ. 2550 ในภารกิจหลักของสถานศึกษา คือ การบริหารวิชาการ การบริหารงบประมาณ การบริหารงานบุคคล และการบริหารงานทั่วไป